西暦2199年、地球はガミラス星の攻撃を受け、滅亡の危機に瀕していた。遊星爆弾の放射能が、人々が避難した地下都市まで汚染しはじめた。人類に残された時間は残り1年！そんなとき、地球からはるか14万8千光年彼方のイスカンダル星・女王スターシャからメッセージが届く。イスカンダルには放射能除去装置(コスモクリーナーD)があるというのだ。地球の運命を乗せて、宇宙戦艦ヤマトが大宇宙へ出航する。